Robert Downey Jr va néixer a Manhattan (Nova York), com el petit de dos germans. El seu pare, Robert Downey Sr., és un actor, escriptor, productor, director de fotografia i director de cinema; i la seva mare, Elsie —el cognom de soltera era Ford—, també era actriu i va aparèixer en pel·lícules de Downey Sr.

Va debutar com a actor amb cinc anys, interpretant a un cadell malalt en la comèdia absurda Pound el 1970, i després als set anys va aparèixer en la surrealista Greaser’s Palace (1972). Als deu anys vivia a Anglaterra i estudiava ballet clàssic, com a part d’un pla d’estudis més ampli. En la seva adolescència va anar al centre de formació en arts escèniques Stagedoor Manor en el nord de l’estat de Nova York.